Les aliments fermentés (natto, miso,alternatives végétales au yaourt) et non fermentés (tofu, alternatives végétale au lait) à base de soja sont largement consommés à travers l'Asie depuis des siècles. Si certains croient que les aliments fermentés à base de soja offrent de plus grands avantages pour la santé que les variétés non fermentées, cela n'est pas fondé et n'a pas été confirmé par des études cliniques.
À titre d'exemple, il a été suggéré que la fermentation améliorerait la digestibilité des protéines de soja. Or, la digestibilité des protéines de soja dans le cadre de produits non fermentés est déjà excellente à plus de 90 % en général.
De plus, les isoflavones, des composants végétaux naturels présents dans les aliments à base de soja fermentés et non fermentés, sont absorbées. Les isoflavones dans les aliments non fermentés au soja sont présentes sous la forme de b-glucosides. Lors de la digestion, ceux-ci sont hydrolysés par des bactéries intestinales et ensuite absorbés sous la forme d’aglycones. En ce qui concerne les aliments au soja fermentés, le processus de fermentation hydrolyse naturellement les isoflavones en aglycones qui peuvent ainsi être absorbés immédiatement.
Un moyen de déterminer la quantité d'isoflavones absorbée consiste à mesurer la concentration d'isoflavones dans les urines après avoir consommé des produits à base de soja. Cette approche n'a montré aucune différence dans l'excrétion d'isoflavones dans les urines, que ce soit après avoir consommé de la soupe au miso (fermenté) ou une boisson à base de soja (non fermenté) contenant les mêmes quantités d'isoflavones.
Même si la fermentation réduit la teneur en phytates du soja, rien ne permet d'affirmer clairement que cette réduction conduit à une augmentation significative de l'absorption des minéraux chez les humains. De plus, le traitement par chaleur humide utilisé pour produire des aliments au soja non fermentés réduit également la teneur en phytates.
La fermentation peut réduire la teneur en inhibiteurs de trypsine, mais la pertinence de cet élément est floue, la quantité d'inhibiteurs de trypsine dans les produits au soja non fermentés disponibles dans le commerce étant déjà faible et donc cliniquement non pertinente.